Неколку проектни единици ја поддржуваат работата на СЕП:
Градење капацитети за EУ интеграција, Стратегиски програмски фонд - обединета Европа (СПФРЕ) април 2009 - март 2012
Градење на административни капацитети за европска интеграција, Фонд за глобални можности - обединета Европа (ГОФРЕ) април 2007 - март 2009
Норвешка поддршка на Република Македонија на полето на европска интеграција и реформа на јавната администрација (НОРМАК)
Програма за развој на Обединетите нации (УНДП)